محمد بن ابراهيم به آن حضرت نوشت: اي سرورم اگر صلاح مي داني به من دعايي بياموز كه بعد از نمازهايم بخوانم، و خدا خير دنيا و آخرت را برايم گرد آورد، امام نوشتند مي گويي:
«أَعُوذُ بِوَجْهِكَ الْكَرِيمِ وَ عِزَّتِكَ الَّتِي لَا تُرَامُ وَ قُدْرَتِكَ الَّتِي لَا يَمْتَنِعُ مِنْهَا شَيْ ءٌ مِنْ شَرِّ الدُّنْيَا وَ الْآخِرَةِ وَ مِنْ شَرِّ الْأَوْجَاعِ كُلِّهَا؛ (1)
به چهره ي كريمانه ات و عزّتت كه مورد سوء قصد قرار نمي گيرد و قدرتي كه هيچ كس را ياراي آن نيست پناه مي برم از شر دنيا و آخرت و از شر تمامي بيماريها.»

گويند: «امام هادي عليه السلام بيش از همه معاصران خود به عبادت و تهجد مي پرداخت و تقوا و پايبندي وي به اصول ديانت زبانزد خاص و عام بود. ايشان تمام نوافل را به جاي مي آورد و در ركعت سوم نافله مغرب سوره «حمد» و اول سوره «حديد» را تا «انّهُ عَليمٌ بِذاتِ الصُّدور» و در ركعت چهارم پس از سوره «حمد» آخر سوره «حجرات» را تلاوت مي كرد».
«شب هنگام به پروردگارش روي مي آورد و شب را با حالت خشوع به ركوع و سجده سپري مي كرد و بين پيشاني نوراني اش و زمين جز سنگريزه و خاك حائلي وجود نداشت و پيوسته اين دعا را تكرار مي نمود: «الهي مسي ء قد ورد، و فقير قد قصد، لا تخيب مسعاه و ارحمه و اغفر له خطأه»؛(2)
يعني بارالها! گنهكاري بر تو وارد شده و تهيدستي به تو روي آورده است. تلاشش را بي نتيجه مگردان و او را مورد عنايت و رحمت خويش قرار ده و از لغزشش درگذر.
قطب راوندي گفته كه «در حضرت علي بن محمد هادي عليه السلام جمع شده بود خصال امامت و كامل شده بود در آن حضرت، فضل و علم و خصال و خير و تمامي اخلاق آن حضرت خارق از عادت بود؛ مانند اخلاق پدران بزرگوارش.»